Có thể nói Nhật Bản là một trong những quốc gia phức tạp nhất thế giới về tôn giáo. Ở đây cùng đồng thời tồn tại các phong tục tập quán có nguồn gốc và theo phong cách tôn giáo khác nhau. Người Nhật đến lễ ở các đền của đạo Shinto (Thần đạo) vào năm mới, đi thăm các chùa chiền của đạo phật vào mùa xuân nhưng tổ chức tiệc tùng và tặng quà nhau vào dịp lễ Noel theo cách của đạo Thiên chúa. Các đám cưới thường được tổ chức theo nghi lễ của thần đạo hoặc đạo thiên chúa. Nhưng thủ tục ma chay lại tiến hàng theo nghi lễ của đạo phật. Có những người một lúc theo hai hoặc ba đạo, do đó vào năm 1995 theo thống kê của cuốn niên giám về tôn giáo của hiệp hội văn hóa thì tín đồ của tất cả các giáo phái cộng lại là 219,83 triệu, gần gấp đôi dân số Nhật lúc bấy giờ là 120triệu.
Tuy vậy ở Nhật ngày nay đạo phật chiếm ưu thế hơn so với các đạo khác, với khoảng 92 triệu tín đồ, mặc dù trên thực tế thì các tín đồ này cũng không tuân theo các qui định của đạo phật một cách nghiêm ngặt.
Đạo cơ đốc cũng khá thịnh hành với khoảng 1,7 triệu giáo dân. Đạo cơ đốc được đưa vào Nhật năm 1549 phát triển nhanh chóng vào nửa sau của thế kỷ đó, khi trong nước có nhiều xung đột, không ổn định và được chào đón bởi những người đang cần một biểu tượng tinh thần mới, cũng như những người hi vọng làm giàu trong buôn bán hay hy vọng tiếp thu kỹ nghệ mới đặc biệt là kỹ nghệ sản xuất vũ khí của tây phương. Tín đồ cơ đốc giáo hiện nay bao gồm có tín đồ tin lành và thiên chúa, nhưng tín đồ tin lành đông hơn. Các tín đồ tin lành đã kỷ nịêm 100 năm ngày tôn giáo của họ trên đất Nhật vào năm 1959.
Trong số các tôn giáo khác, đạo Hồi có khoảng 155.000 tín đồ, bao gồm cả những người nước ngoài cư trú tạm thời trên đất Nhật.
Đạo gốc của Nhật bản là Shinto (Thần đạo). Thần đạo có nguồn gốc từ thuyết vật linh của người Nhật cổ. Thần đạo cho rằng cây cối, loài vật trong thiên nhiên đều có quỉ thần nên phải được thờ cúng. Phát triển với tư cách tôn giáo của cộng đồng, thần đạo đã sản sinh ra những miếu thờ gia thần và các thần hộ mệnh của địa phương. Ngoài ra, người Nhật cũng thờ các anh hùng và các thủ lĩnh xuất chúng của nhân dân qua các thế hệ khác nhau và thờ cúng hương hồn tổ tiên theo lễ nghi của đạo thần.
Người Nhật cũng coi trọng đạo Khổng, nhưng trên thực tế thì đạo khổng đối với người Nhật có tư cách như chuẩn mực đạo đức hơn là một tôn giáo.Đạo khổng du nhập vào Nhật từ đầu thế kỷ thứ 6, có ảnh hưởng lớn tợ nếp suy nghĩ và cách xử sự của người Nhật, sau này ảnh hưởng của đạo này cũng suy yếu đi nhiều.